肉蓯蓉的藥用部位是帶鱗葉的肉質莖。肉蓯蓉是一味中藥材，具有一定的藥理功效，所以在使用時一定要謹遵醫囑，切勿盲目私自使用，以免造成身體不適概率增加。
臨床上肉蓯蓉的藥用部位，為植物肉蓯蓉或管花肉蓯蓉的干燥帶鱗葉的肉質莖。中醫認為肉蓯蓉味甘、咸，性溫，歸腎、大腸經，具有補腎陽、益精血、潤腸通便等功效，臨床上適用于腎陽不足、精血虧虛、陽痿不孕、腰膝酸軟、筋骨無力、腸燥便秘等病癥。如果患者有以上不適癥狀，可在醫生的指導下使用肉蓯蓉，具有緩解不適癥狀的作用，可遵醫囑煎服。生活中還可用遵醫囑泡酒、煮粥使用。
肉蓯蓉中還含有一定量的化學成分，如松果菊苷、毛蕊花糖苷等苯乙醇苷類，表馬錢子酸等、松脂醇等木質素類成分，以及生物堿糖類糖醇固醇、多種微量元素等，建議用藥遵醫囑進行。此外，因為肉蓯蓉偏熱性，還能助陽滑腸，所以陰虛火旺、便溏泄瀉者，以及本身就有熱結便秘等病癥患者禁止服用，否則容易加重病情，增加身體陰虛火旺不適，不利于病情恢復。