頭孢曲松鈉與頭孢克肟同為第三代頭孢菌素，為抗生素藥物，但存在著用藥途徑、排泄途徑、用藥周期、作用菌群等方面的不同。使用藥物時，應在醫生指導下使用，避免盲目用藥。
1、用藥途徑：頭孢曲松鈉一般為注射用藥，可肌肉注射或靜脈滴注；頭孢克肟一般為口服用藥；
2、排泄途徑：頭孢曲松鈉主要經肝膽系統代謝；頭孢克肟主要經腎臟代謝，從尿液排出；
3、用藥周期：頭孢曲松鈉的半衰期長達6-8小時，能有效減少用藥次數；頭孢克肟的半衰期較短，多為2.3-2.5小時；
4、作用菌群：頭孢曲松鈉對革蘭陰性菌的作用較強，主要敏感菌有金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌、嗜血桿菌屬、奈瑟菌屬、大腸埃希菌、肺炎克雷伯桿菌、沙雷菌等。銅綠假單胞菌、腸桿菌屬對本品也敏感。主要用于治療呼吸系統、泌尿系統和膽道部位的感染；頭孢克肟具有抗革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌的廣譜抗菌活性，特別是對革蘭氏陽性菌的鏈球菌屬和肺炎球菌，及革蘭氏陰性菌的淋菌、流感嗜血桿菌、變形桿菌屬、沙雷菌屬的殺菌作用較其他口服頭孢菌素強，主要用于腦膜炎、肺炎、皮膚軟組織感染等治療。