頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉一般是指注射用頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉，頭孢曲松鈉一般是指注射用頭孢曲松鈉，兩者的主要區別在于藥品成分不同、適應證不同、禁忌證不同。但都屬于頭孢三代藥物，都具有一定的抗菌作用，臨床上可根據患者的藥敏結果，由專業醫生進行判斷，選擇何種藥物。
1、藥品成分不同：注射用頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉為復方制劑，主要成分為舒巴坦鈉以及頭孢哌酮鈉。注射用頭孢曲松鈉為頭孢菌素類藥物，主要成分為頭孢曲松鈉；
2、適應證不同：注射用頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉可用于治療上、下呼吸道感染，以及腦膜炎、膽囊炎、關節感染等疾病，在使用后能夠抑制敏感細菌細胞壁的合成，從而達到一定殺菌的作用。而注射用頭孢曲松鈉可用于治療下呼吸道感染、盆腔感染、敗血癥、腦膜炎等感染性疾病，使用后對大腸埃希菌、吲哚陽性變形桿菌等，可以起到一定的抑制作用；
3、禁忌證不同：已知對青霉素類、舒巴坦、頭孢哌酮，以及其它頭孢菌素類抗生素過敏者，應禁用注射用頭孢哌酮鈉舒巴坦鈉。對頭孢菌素類抗生素過敏者禁用注射用頭孢曲松鈉，該藥不能加入哈特曼氏以及林格氏等含有鈣的溶液中使用，否則可能與含鈣劑或含鈣產品合并用藥，有可能導致致死性結局的不良事件。
在日常生活中還應多注意個人衛生，勤洗手、戴口罩，避免去人多密集的地方，以免導致繼發感染的情況，而影響以上藥物的治療效果。