檸檬具有一定的輔助祛痰的作用，生痰是指口腔及呼吸道受到外界刺激，導致分泌物增加，而且痰液一般比較黏稠。祛痰也可稱為化痰，指降低痰液黏稠度，促使痰液排出。
檸檬含有檸檬酸，屬于酸性食物，食用后可刺激胃腸道，觸及呼吸道的黏膜反射性地分泌黏液，可增加痰液中水分的含量，降低痰液的黏稠度，有利于痰液的排出，因此具有輔助祛痰的作用。但由于檸檬強烈的酸性刺激，可引起胃腸道不適，造成反酸、惡心、嘔吐等不適。因此臨床中，一般不會用檸檬作為祛痰的治療方式，患者可遵醫囑口服或霧化吸入氨溴索等藥物，幫助排痰。
患者若有痰液不易排出，可適當增加飲水，注意室內空氣的流通，保持充足的睡眠，增強體質，同時避免食用辛辣、刺激性的食物，若不能緩解建議及時就醫并治療。