鹽酸小檗堿片中含有鹽酸小檗堿這一成分，具有抑菌作用，臨床上一般使用該藥治療痢疾桿菌、大腸桿菌等細菌引起的腸道感染。一般不建議長期服用鹽酸小檗堿片，因為該藥具有抑菌作用，如果長期服用，可能會導致細菌產生耐藥性，或引起體內菌群失調，對身體健康造成不利影響。因此患者需在醫生指導下，根據病情決定用藥時間，切勿自行縮短或延長用藥時間，以免延誤或加重病情。
使用鹽酸小檗堿片后可能會出現惡心、嘔吐、皮疹等不良反應，一般在停藥后不良反應即可消失。如果患者對藥物成分過敏，服藥后出現呼吸困難等嚴重過敏癥狀，應立即去醫院就診。另外，在使用該藥時應避免同時服用含鞣質的中藥，比如大黃、白芍等，因為兩者結合后可能會生成難溶性鞣酸鹽沉淀物，從而對藥物療效產生影響。