過氧化物酶抗體高主要與甲狀腺功能亢進、亞急性甲狀腺炎、橋本氏甲狀腺炎等病癥有關，因病癥差異，其治療藥物也有所區別，故降低過氧化物酶抗體水平的方式也不一樣。建議患者前往醫院明確病情，遵醫囑對癥治療。
1、甲狀腺功能亢進：通常可遵醫囑選用藥物治療以降低過氧化物酶抗體水平，常見為丙硫氧嘧啶片、甲硫氧嘧啶片、鹽酸普萘洛爾片等藥物，若患者藥物治療效果不佳，需到醫院接受甲狀腺切除手術以改善病情，可幫助過氧化物酶抗體恢復正常水平。
2、亞急性甲狀腺炎：臨床常應用改善甲狀腺組織炎癥反應的非甾體抗炎藥物治療，如卡比馬唑片、醋酸潑尼松片等，均可幫助降低過氧化物酶抗體水平。
3、橋本氏甲狀腺炎：如左甲狀腺素鈉片、甲狀腺素片、丙硫氧嘧啶片等藥物，可有效控制過氧化物酶抗體指標，建議患者在醫生指導下規范用藥。
除上述原因外，還可能是其他因素導致的，例如糖尿病、紅斑狼瘡、彌漫性甲狀腺腫大，患者用藥應在明確病因后，以醫生指導為準。