懷孕早期出現停經是常見的現象，但伴隨的HCG水平異常和陰道出血可能提示一些問題。
對于您目前的情況，停經41天后確認懷孕，但HCG值只有1254.00，并且陰超檢查未見到胎囊。這確實需要引起重視，因為正常情況下，懷孕7周左右可以通過超聲看到胎囊和心跳。
醫生提到不能排除宮外孕的可能，這是合理的。宮外孕是指受精卵在子宮以外的地方著床發育，最常見于輸卵管內。這種情況下，隨著胚胎的生長，可能會導致輸卵管破裂，引起嚴重的內出血，甚至危及生命。
您目前的癥狀包括小腹輕微刺痛和陰道出血，這些都是宮外孕的典型癥狀之一。雖然出血量可能不多，但不能掉以輕心。尤其是當出現下腹部疼痛加劇、頭暈、惡心嘔吐等癥狀時，更需要及時就醫。
醫生建議立即住院治療是出于安全考慮。通過進一步的檢查，如腹腔鏡或磁共振成像（MRI），可以明確診斷是否存在宮外孕或其他問題。如果確診為宮外孕，通常需要手術治療來終止妊娠并防止并發癥的發生。
如果您有終止妊娠的需求，目前可以通過藥物或手術的方式進行。但具體選擇哪種方式，需要根據您的身體狀況和醫生的建議來決定。
總之，面對這種情況，及時就醫是非常重要的。聽從醫生的安排，完成必要的檢查和治療，才能確保自身的健康和安全。