青春期陰莖小可能是正常的生理現象，也可能是過度肥胖、隱匿陰莖等原因導致的，需要及時遵醫囑進行治療。
1.正常的生理現象：處于青春期初期時，體內的雄激素還未明顯分泌，此時生殖器發育不明顯，出現陰莖小的情況，屬于正常的生理現象，一般不需要特殊治療。在日常生活中注意保持營養均衡，可以適當進食富含蛋白質的食物，如雞蛋、牛奶等。
2.過度肥胖：如果經常吃油膩、高脂肪的食物，包括炸雞、炸薯條等，同時不注意運動，可能會導致體內脂肪堆積過多，出現過度肥胖的情況，會導致恥骨聯合部位的脂肪堆積，從而出現陰莖小的現象。建議保持良好的飲食習慣，避免暴飲暴食，還可以適當進行體育鍛煉，如慢跑、游泳等，有助于控制體重。
3.隱匿陰莖：隱匿陰莖是一種陰莖體發育尚正常，陰莖埋藏于恥骨上脂肪墊的一類疾病，表現為包皮口狹窄，包皮不能退縮，使陰莖體顯露不良，陰莖體縮藏在體內，外露部分很少，陰莖體積較小，需要入院通過隱匿陰莖矯正術進行治療，徹底切除所有發育異常的肉膜及纖維條索，使陰莖充分顯露。
出現該癥狀，還可能是包莖導致的，需要及時入院就診，日常保持規律的作息習慣。