正常情況下陰莖小可能是生理因素、包莖以及性激素低下引起的，需明確病因對癥進行治療。
1、生理因素：陰莖作為男性重要的性器官，具有性交功能，并還有排尿和射精的作用。若是出現陰莖較小的情況，但身體并無其他不適癥狀，大多為正常的生理現象，主要是因為每個人發育情況不同，陰莖長短也會有差異。一般為正常的生理現象，通常不用過于擔心。
2、包莖：該病一般是指包皮口狹小，不能上翻露出陰莖頭，多與包皮過長有關。作為組織癥狀，患者可能會受包皮過長、包皮內板粘連等因素影響，影響陰莖生長，易誘發短小的現象。若不是癥狀可不用進行治療，但若是出現反復感染、粘連等現象，建議患者采取包皮環切術進行治療。
3、性激素低下：作為男性的性器官，該器官的大小、發育等情況，通常與身體激素有一定的關系，若是身體激素較低，此時身體發育會受到影響，常會導致陰莖發育受阻，出現短小的現象。患者可在醫生指導下使用甲睪酮片、丙酸睪酮注射液、十一酸睪酮軟膠囊等藥物進行治療。
平時，患者還需注意放平心態，養成健康規律的生活作息，減少對身體的刺激，通常可以有效地保護患者身體健康，對改善病情有一定的幫助。