巧囊(巧克力囊腫)穿刺手術好還是腹腔鏡(腹腔鏡手術)，取決于患者的具體情況，例如對于不孕、巧克力囊腫直徑超過4cm或明顯痛經，沒有做過手術的人群而言，選擇腹腔鏡手術比較好，而已進行過一次手術的患者，如果巧克力囊腫復發，則進行巧克力囊腫穿刺手術比較好。
1、腹腔鏡手術：腹腔鏡手術可徹底去除異位病灶、巧克力囊腫，同時分離粘連，恢復盆腔器官正常的解剖位置和生理狀態，而且可以促進生育、緩解疼痛。術后給予促性腺激素釋放激素激動劑以后，1年內妊娠幾率較高。此外，亦可進行巧克力囊腫的子宮內膜異位癥嚴重程度的分級，指導下一步自然受孕、輔助生殖，適用于患者具有不孕、巧克力囊腫直徑超過4cm或明顯痛經，沒有做過手術的患者；
2、巧克力囊腫穿刺手術：對于進行過手術的患者而言，如果巧克力囊腫復發，可考慮進行巧克力囊腫穿刺手術。巧克力囊腫穿刺能夠抽吸囊內液體，但復發率較高，其無法徹底切除異位囊腫，僅進行囊腫囊液沖洗。雖然創傷小、恢復快，但無法送病理檢查，如果為可疑惡性，仍需進行手術明確診斷且切除病灶。如果惡變幾率極低，可考慮進行穿刺。但可考慮將穿刺液體送細胞學檢查，對于囊內壁實施活檢。