巧克力囊腫手術對卵巢的傷害通常是比較大的，如果是進行的子宮及附件全切手術，那么卵巢也會被切除；如果是進行的巧克力囊腫穿刺引流手術或者是巧克力囊腫病灶剝離術，那么可能會引起卵巢周圍組織粘連，以至于卵巢不能正常排卵。
巧克力囊腫病灶剝離后竇卵泡數較剝除前確有減少，但巧囊患者本身竇卵泡數少于正常女性，所以用竇卵泡數來檢測卵巢儲備功能并沒有AMH檢測準確直接。但卵囊剝除術后AMH會降低，也影響了卵巢儲備功能。另外，術后的電凝、縫合措施以及縫合密度對卵巢儲備能力也有影響。其中卵巢的血供直接影響卵巢儲備功能，所以在術后縫合時應該格外注意疏密和方法。
不論哪種手術方式，巧克力囊腫手術以后都應當臥床休息，避免過早的下床活動，避免勞累，術后一個月內禁止發生性行為。同時，手術之后巧克力囊腫仍然有復發的可能，因此要定期復查，以防復發。