巧克力囊腫手術(shù)對卵巢的傷害通常是比較大的，如果是進行的子宮及附件全切手術(shù)，那么卵巢也會被切除；如果是進行的巧克力囊腫穿刺引流手術(shù)或者是巧克力囊腫病灶剝離術(shù)，那么可能會引起卵巢周圍組織粘連，以至于卵巢不能正常排卵。
巧克力囊腫病灶剝離后竇卵泡數(shù)較剝除前確有減少，但巧囊患者本身竇卵泡數(shù)少于正常女性，所以用竇卵泡數(shù)來檢測卵巢儲備功能并沒有AMH檢測準(zhǔn)確直接。但卵囊剝除術(shù)后AMH會降低，也影響了卵巢儲備功能。另外，術(shù)后的電凝、縫合措施以及縫合密度對卵巢儲備能力也有影響。其中卵巢的血供直接影響卵巢儲備功能，所以在術(shù)后縫合時應(yīng)該格外注意疏密和方法。
不論哪種手術(shù)方式，巧克力囊腫手術(shù)以后都應(yīng)當(dāng)臥床休息，避免過早的下床活動，避免勞累，術(shù)后一個月內(nèi)禁止發(fā)生性行為。同時，手術(shù)之后巧克力囊腫仍然有復(fù)發(fā)的可能，因此要定期復(fù)查，以防復(fù)發(fā)。