如果肛瘺外口看不見了，考慮與分泌物及排泄物附著、局部感染、假性愈合等因素有關，需要采取具有針對性的處理措施。
1.分泌物及排泄物附著：如果存在肛瘺，通常會流出膿性分泌物；若屬于高位肛瘺，還可能有糞便排出。若患者不注意清潔局部，可能導致此類物質堆積在肛瘺外口，可能導致肛瘺外口被遮住，使患者看不到肛瘺外口。患者可以用生理氯化鈉溶液沖洗局部，以去除局部附著的物質，平時要勤換洗內褲。
2.局部感染：在出現肛瘺后，大腸埃希菌、葡萄球菌等致病微生物可能在局部大量繁殖，可能使局部出現較為嚴重的感染，使局部有嚴重的疼痛、腫脹癥狀。若局部組織過度腫脹，可能影響肛瘺外口的狀態，甚至使其相對縮小，可能導致患者看不見肛瘺外口。患者應及時遵醫囑使用注射用頭孢曲松鈉、注射用頭孢呋辛鈉等藥物進行治療，以抑制、殺滅上述致病微生物，進而控制感染。
3.假性愈合：如果患者在術后未進行規范的換藥，可能導致局部組織粘連，進而使肛瘺外口假性愈合，患者可能會發現肛瘺外口看不到了。此時通常需要再次進行瘺管切開術、肛瘺切除術等手術，讓局部組織重新生長、愈合。
建議患者及時就診，配合醫生完善局部視診、肛門鏡檢查等項目，以明確情況。