肛瘺是位于肛管直腸周圍的肉芽腫性管道，可因肛腺感染、肛管外傷感染等原因而引起。導致肛瘺的具體原因不同，瘺管內口距離肛門的深度也不相同，大多距離肛門1.5-2.0cm左右，具體以實際深度為準。
1、肛腺感染：如果是肛腺感染引起的肛瘺，瘺管內口一般位于齒狀線肛竇部位。齒狀線實際上是由肛瓣邊緣和肛柱下端共同組成的鋸齒狀環形線，是直腸與肛管的分界線。而肛瓣和肛柱下端共同圍成肛竇，該部位是肛門腺的開口，大多數肛瘺患者的內口位于該部位。由于從肛門邊緣一直到齒狀線的部位長度約1.5-2.0cm，所以肛瘺內口一般距肛門深度約1.5-2.0cm。在進行直腸指檢時，往往觸及肛竇的內口部位有硬結，可觸及成條索狀瘺管一直從內口部位延伸到肛門外；
2、肛管外傷感染：如果是肛管的外傷感染引起的肛瘺，由于肛管上起至齒狀線，下至肛門緣，長度約1.5-2.0cm。所以，瘺管內口距離肛門的深度在0-2.0cm；
3、其他：如果是腸結核、潰瘍性結腸炎、克羅恩病等導致的肛瘺，由于疾病病灶一般在結腸或直腸部位，其形成的瘺管內口一般在距離肛門深度的2.0cm以上，但具體深度范圍并沒有明確的統計數據。