一般情況下，胃鏡下切除間質瘤不能保證切干凈。具體分析如下：
胃鏡下切除間質瘤一般指切除胃間質瘤，由于多數胃腸道間質瘤起源于固有肌層，生長方式多種多樣，瘤體與周圍肌層組織界限并不十分清晰，因此在胃鏡下不容易被根治性切除。在胃鏡下，一般只適用于良性腫瘤或者惡性腫瘤早期，如果是小的病灶、核分裂象低的病灶，一般可以切除干凈，但如果是大的病灶、核分裂象高的病灶，就可能切不干凈。建議患者在手術后，定期到醫院進行復查，防止復發。平時注意養成健康的生活習慣，有助于身體恢復。