正清風痛寧注射液的后遺癥可能有中樞神經系統抑制、心血管系統紊亂、過敏反應、血液系統異常、肝腎功能損害等，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1.中樞神經系統抑制：中樞神經系統抑制主要是因為藥物作用在神經細胞上，會出現意識模糊、嗜睡等癥狀，嚴重時患者會出現昏迷的情況。
2.心血管系統紊亂：正清風痛寧注射液能擴血管，減少外周血管阻力，進而降低血壓。如果病情較重，則可引起血液循環系統的紊亂，進而進入休克狀態。
3.過敏反應：過敏反應是由于患者身體的免疫系統對某種藥物的某種成分有了過激的反應。臨床表現為皮疹、瘙癢、紅腫，嚴重時可出現呼吸困難及過敏性休克。
4.血液系統異常：正清風痛寧注射液的應用可對骨髓造血干細胞的功能產生影響，從而間接地影響到血小板的數量與品質。嚴重的血液系統紊亂會引起凝血紊亂或者貧血，從而提高出血的危險。
5.肝腎功能損害：正清風痛寧注射液在肝內代謝，長期使用可加重肝負荷，導致肝細胞受損，還可能會損傷肝臟。
為了避免影響身體的恢復，建議患者避免擅自使用藥物。