奈普生和正清風痛寧主要的區別是藥物功效和作用不同。
奈普生在服用之后可以起到抑制前列腺素合成和淋巴細胞的酶物質分泌的作用，此外，還可以通過減少DNA的合成而實現抗炎。正清風痛寧在服用之后可以起到活血通絡、消腫止痛以及祛風除濕的功效，能有效的改善風寒濕痹癥。
一般來說，奈普生和正清風痛寧可以同時服用，但是建議患者在醫生的指導下合理用藥。