腸鏡一般由于種類不同導致檢查范圍也不同，腸鏡根據種類不同可以分為結腸鏡、小腸鏡、直腸鏡、十二指腸鏡。在進行腸鏡檢查時，應提前排空腸內雜質，減小雜質對檢查的影響。
1、結腸鏡：結腸鏡需要從肛門進入體內，能觀察到肛門、肛管、直腸，而后到達橫結腸，通過肝曲、降結腸到達回盲部，在此處可以觀察到回盲瓣以及盲腸內的闌尾開口，結腸鏡也可以看到小腸的最后一節，即回腸末端。通過結腸鏡檢查可發現大多數腸道病變，如腫瘤、血管畸形、潰瘍、腸結核、淋巴瘤等；
2、小腸鏡：主要用來檢查小腸，小腸一般可以達到4-5m，盤曲于腹部中央，因為小腸的長度較長，小腸鏡檢查通常比較困難，需要在麻醉下進行，可以經口或經肛進行。如果需要完整檢查整個小腸，可能需要經口和經肛結合檢查才能完善，此時有助于發現小腸的各種病變，如腫瘤、出血、憩室、小腸潰瘍、糜爛等；
3、直腸鏡：直腸鏡是一種對直腸和局部乙狀結腸的檢查方法，通常采用20cm左右裝有微電子相機的直管進入直腸中，對直腸進行觀察，主要用于檢查機體是否存在直腸息肉、腫瘤、炎癥等疾病；
4、十二指腸鏡：十二指腸鏡是一種側視鏡，可以觀察到十二指腸的病變。使用側視鏡時可以在狹小的管腔明確管壁、十二指腸乳頭的情況，同時能通過使用抬鉗器，使各種器械進入十二指腸乳頭、膽道、胰管等，從而進行相應治療。
患者在檢查前為了達到腸道清潔良好的目的，應避免食用帶籽、帶皮的食物，如火龍果、甜瓜、西瓜、西紅柿等，而且在腸鏡檢查前不建議進食，避免形成糞便影響檢查結果。