臨床上一般情況下大部分回腸末端炎的患者可以治好，但應配合醫生采取針對性的治療措施，謹遵醫囑，按療程按量合理使用藥物，才可以達到治好的目的。
回腸末端炎屬于一種起因較復雜的自身免疫性疾病，可能和自身免疫系統有關，但也不排除是受到細菌或者病毒感染等因素所引起的。因此病原因尚不明確，故治療起來相對較困難，因此，需要做到早發現、早診斷，早治療，才能達到控制疾病的效果。大部分患者在經過積極有效地治療之后，可以達到臨床治愈，愈后比較良好。只有極少數的人群，如患者體質較差，可能會出現病情加重，或者病情反復的情況。
回腸末端炎可以通過使用糖皮質激素類的藥物進行治療，如地塞米松注射液、倍他米松磷酸鈉注射液等，同時聯合使用免疫抑制劑，如注射用甲氨蝶呤等藥物，可以改善局部炎癥反應，從而抑制病情的發展，達到臨床治愈。
日常生活中還需要養成良好的飲食習慣，以清淡、易消化飲食為主，忌食辛辣刺激性食物，避免暴飲暴食，戒煙忌酒，從而有利于病情的恢復。