兩歲寶寶夜里咳嗽厲害，通常可采取一般治療和藥物治療的方法進行治療。一般治療包括抬高體位、增加環境濕度、多喝水等，而藥物治療需要在醫生指導下進行，包括抗感染藥物、止咳藥物等。
一、一般治療：1、抬高體位：兩歲寶寶夜里咳嗽厲害時，可適當抬高寶寶的體位，或抱起寶寶進行輕輕拍打，使寶寶的痰液容易排出，緩解在平臥狀態時由于痰液刺激造成的咳嗽；
2、增加環境濕度：兩歲寶寶夜里咳嗽厲害時，可適當增加房間的濕度，保持在55%-65%，房間溫度在22℃-25℃，對于減輕寶寶夜間咳嗽的情況會有一定幫助；
3、多喝水：兩歲寶寶夜里咳嗽厲害時，可適當給寶寶多喝一些溫水，如蘿卜水、梨水等，有一定潤肺止咳的作用。
二、藥物治療：1、抗感染藥物：如果是由于細菌感染引起兩歲寶寶夜里咳嗽厲害，可遵醫囑使用抗菌藥物進行治療，如阿莫西林膠囊、頭孢克洛分散片、阿奇霉素片等；
2、止咳藥物：兩歲寶寶夜里咳嗽厲害，還可使用一些止咳藥物應對咳嗽的癥狀，如枸櫞酸噴托維林片等。另外也可使用一些中成藥，如小兒清肺化痰口服液、小兒消積止咳口服液等，均對寶寶夜里咳嗽厲害有所改善；
3、其他：兩歲寶寶夜里咳嗽厲害，如果是由于過敏引起，可適當用一些抗過敏的藥物，如氯雷他定片、鹽酸西替利嗪片等，還可使用孟魯司特鈉咀嚼片擴張支氣管，或使用含有氨溴索、乙酰半胱氨酸的化痰藥物。必要時可霧化吸入沙丁胺醇氣霧劑等，緩解寶寶夜里咳嗽厲害的癥狀。如果伴有發熱癥狀超過38.5℃，還可遵醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚緩釋片等進行退熱。