莫匹羅星軟膏和紅霉素軟膏沒有好壞之分，兩種的成分不同，治療的效果也會有差異，因此需要看患者的病情而定，再選擇具體的藥物。
莫匹羅星軟膏以及紅霉素軟膏都有消炎、抗菌抗病毒的效果，主要是治療毛囊炎、痤瘡、癤腫、丹毒以及甲溝炎之類的皮膚疾病。
1、莫匹羅星軟膏：對與皮膚感染有關的各種革蘭陽性球菌有很強的抗菌活性，對耐藥金黃色葡萄球菌也有效。對某些革蘭陰性菌有一定的抗菌作用。與其他抗生素無交叉耐藥性。
2、紅霉素軟膏：紅霉素軟膏為大環內酯類抗生素，對大多數革蘭陽性菌、部分革蘭陰性菌及一些非典型致病菌如衣原體、支原體均有抗菌活性。用于膿皰瘡等化膿性的皮膚病、小面積燒傷、潰瘍面的感染和尋常的痤瘡。