小便時肛門附近刺痛可能是由肛裂、肛門息肉，以及肛竇炎等原因所導致。可去醫院做相應的檢查來確定具體原因，并遵醫囑進行規范的治療控制癥狀。
1、肛裂：多由肛管受到損傷、肛管壓力等因素造成，主要癥狀表現為便血、肛門疼痛等，患者在小便或大便時，會造成肛門內括約肌收縮，會出現小便時肛門附近刺痛的情況。患者可在醫生的建議下使用鹽酸利多卡因膠漿、硝酸甘油軟膏進行局部治療，癥狀較為嚴重的患者還可在醫生的建議下進行手術治療，比如Y-V皮瓣肛管成形術、肛門內括約肌切開術等；
2、肛門息肉：多由炎癥刺激遺傳因素等原因所導致，主要癥狀表現為肛門疼痛、便血、乏力等，患者在小便時會使腸道受到刺激，從而門出現或加重肛門的刺痛感，此時會出現小便時肛門附近刺痛的情況。患者可在醫生的建議下使用塞來昔布膠囊、舒林酸片等藥物進行治療，一般情況下還可在醫生的建議下進行手術治療，比如結腸息肉切除術等；
3、肛竇炎：多由細菌感染引起，大量食用辛辣、油炸的食物也可能會引起肛竇炎，主要癥狀表現為排便不盡、肛門疼痛、肛門瘙癢等，患者在大便或小便時會使疼痛加重，呈刺痛或撕裂樣痛，部分患者還可能會出現排尿不暢的情況，此時可以出現小便時肛門附近刺痛的情況。患者可在醫生的建議下服用頭孢克肟片、甲硝唑片、替硝唑片等藥物來進行治療，還可在醫生的建議下選擇手術治療，比如肛竇切開引流術等。
小便時肛門附近刺痛原因有很多，患者一旦出現癥狀，應及時治療，避免錯過治療的最佳時期。治療期間應避免吃一些辛辣刺激性的食物，避免加重癥狀，可多吃一些新鮮的蔬果，多吃一些清淡易消化的食物，保證大小便的通暢，緩解癥狀。