水飛薊賓的副作用一般為輕微的胃腸道癥狀，如惡心、呃逆。另外，可能會出現胸悶等現象。
水飛薊賓是一種用于治療膽和肝疾病的藥物，用于急性、慢性肝炎及脂肪肝等肝功能異常的恢復，以及中毒性肝損害的輔助治療。水飛薊賓能夠穩定肝細胞膜、保護肝細胞的酶系統、清除肝細胞內的活性氧自由基，從而提高肝臟的解毒能力，避免肝細胞長期接觸毒物、服用肝毒性藥物、吸煙、飲酒等情況下受到損傷。
如果漏服水飛薊賓時間較短，可以盡快補藥。但是，如果離下一次用藥時間不足兩次正常用藥間隔時間的一半，建議跳過此次用藥，直接在下一次用藥時間使用。切忌一次用兩倍劑量，以免引起毒性反應。同時，建議在醫生的指導下使用藥物。此外，水飛薊素具有與水飛薊賓類似的藥物作用，對毒蕈素、四氯化碳、半乳糖胺、硫代乙酰胺和肝病毒FV3具有抗毒作用。
過敏體質者慎用，妊娠期、哺乳期婦女、老年人和兒童等特殊人群在使用前請咨詢醫生，并在醫生的指導下使用。如果出現嚴重不良反應，建議及時就醫，以免延誤病情。