水飛薊賓膠囊對腎臟基本沒有副作用，水飛薊賓是水飛薊的次級代謝產物，其發揮主要作用的成分為甲醇提取物，是一種確切的保肝修復藥。并沒有明確實驗研究其對腎臟有毒性損傷，反而對各種類型的腎臟損傷有保護作用，在臨床上可以從藥理作用、代謝方式、腎臟保護三方面分析此藥物。
1、藥理作用：水飛薊賓膠囊可以清除活性氧、過氧化抗脂質，保護細胞膜，同時促進損傷的肝臟細胞修復以及新細胞的生成，從而抑制肝臟纖維化、降低血脂等，本身并沒有毒副作用，不會對腎臟造成損傷；
2、代謝方式：由于其較難溶于水，因此口服以后絕大多數可通過膽汁排出，排出的藥物和膽汁一同進入到消化道可隨著糞便排出，只有較少一部分可通過原始形態經過尿液排出，對腎臟影響較小；
3、腎臟保護：水飛薊賓膠囊具有抗腫瘤、保護心臟、抑菌等多種藥理活性，更多的實驗研究其對抗腫瘤、抗免疫藥物長期的腎臟毒性有保護作用，同時對于氨基糖苷類抗生素導致的腎小管、腎小球、血管損傷，也有一定的保護和抗氧化作用，也有研究表明其能夠延緩腎臟纖維化和糖尿病腎損傷。
由于水飛薊賓膠囊是處方藥，需要長時間服用，建議遵醫囑按劑量按療程使用。偶爾服用可能有頭暈、惡心等，等身體耐受后，通常可以自行緩解。