十二歲孩子足舟骨突出，有疼痛可能與骨垢炎、足副舟骨、骨折等原因有關，建議家長根據病因給十二歲孩子進行治療，具體內容如下：
1.骨骺炎：骨垢炎一般是指骨骼在生長發育過程中，骨的若干部位發生骨密度增加、骨化中心不規則等病變的一種疾病，常表現為患處腫脹、疼痛、畸形等，所以十二歲孩子足舟骨突出，有疼痛可能與骨骺炎有關。家長一般可以在醫生的指導下給十二歲孩子使用布洛芬緩釋膠囊、雙氯酚酸鈉緩釋片、地塞米松片等藥物進行治療，建議十二歲孩子在治療期間多休息，盡量減少活動，有利于身體恢復。
2.足副舟骨：足副舟骨是舟骨結節部第二化骨中心的先天異常，在舟骨結節處形成一個獨立的副骨，通常會導致疼痛，所以十二歲孩子足舟骨突出，有疼痛可能與足副舟骨有關。如果疼痛較輕，家長一般可以在醫生的指導下給十二歲孩子使用塞來昔布膠囊、氨芐西林膠囊、布洛芬緩釋膠囊等藥物進行治療，如果疼痛較重，一般可以通過手術將足副舟骨切除。
3.骨折：如果十二歲孩子足舟骨出現骨折，可能會出現足舟骨突出，有疼痛的情況，家長一般可以在醫生的指導下給十二歲孩子使用鹽酸曲馬多片、對乙酰氨基酚片、布洛芬片等藥物緩解疼痛，還可以通過骨折切開復位術、閉合復位術等手術進行治療。