扁桃體肥大不一定必須手術，應依據扁桃體引起癥狀的嚴重程度決定，對于扁桃體反復發炎、體積較大，或者是患有扁桃體腫瘤等患者一般需要進行手術。
1、反復發炎：扁桃體炎癥反復發作，如果每年發作超過4次，連續發作超過2年，可以考慮進行扁桃體切除。因為反復的炎癥刺激，可能會對身體各個系統造成傷害，誘發心肌炎、關節炎和腎炎等，因此需要進行手術切除；
2、體積較大：扁桃體體積過大，可能會對呼吸、吞咽以及發音造成影響，如扁桃體肥大阻塞咽腔，會造成患者出現打鼾，甚至在睡眠中出現呼吸暫停以及缺氧的情況。此時也需要進行手術切除，以恢復咽腔的正常結構，解除阻塞，減少缺氧的情況；
3、扁桃體腫瘤：扁桃體如果出現良性或惡性的腫瘤，也可以導致扁桃體體積增大，常表現為一側的扁桃體增生。如果出現此類情況，可以考慮扁桃體連同病灶一起切除，保證病灶或腫瘤完整切除，容易止血。如果是惡性腫瘤，術后可能還需要進行放療或化療。
除上述原因外，少數患者會出現扁桃體周圍膿腫，如果多次發作，也應考慮進行扁桃體切除。扁桃體炎癥可以引起炎癥因子形成復合物，誘發心肌炎或腎炎，如果不行扁桃體切除手術，心肌炎或腎炎則不能治愈。另外，白喉帶菌者或扁桃體角化癥患者保守治療無效時，也可以行扁桃體切除。此外需注意，扁桃體腫大的患者在感冒、扁桃體炎未控制時進行手術，麻醉反應及術中出血風險較大，需要在炎癥控制1-2周后才可進行手術。如果有全身性疾病不能耐受麻醉或容易出血的情況，應治療后再進行手術。