停經53天且HCG水平達到3千多，表明可能存在懷孕的情況。然而，B超未能發現宮內胎囊，這可能提示幾種可能性：一是胚胎發育過早或位置特殊，導致尚未形成明顯的胎囊；二是存在宮外孕的風險；三是其他非妊娠因素導致的HCG升高。
面對這種情況，醫生通常會建議進一步檢查以明確診斷。例如，可能會安排重復B超檢查、血液HCG水平監測以及可能的腹腔鏡檢查等。
在未明確具體原因之前，使用抗孕藥物可能會帶來風險，因為無法確定是否為宮內妊娠或宮外妊娠。如果是宮外孕，藥物治療可能并不適用，甚至可能延誤病情。
因此，醫生通常建議先通過手術治療來解決問題。手術可以及時終止異常妊娠，避免進一步的健康風險。
總之，在診斷不明確的情況下，應遵循醫生的專業建議，進行必要的檢查和治療，以確保自身的健康和安全。