腋下疼痛，有異味主要是毛囊炎、淋巴結腫大、狐臭等因素所致，可通過使用藥物和手術的方式進行治療，具體分析如下：
1.毛囊炎：毛囊炎可發生于身體任何毛囊部位，可能是清潔不夠或免疫力低下等因素導致的，使腋下疼痛，有異味。患者可以在局部外用抗菌、消炎藥物，比如夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏等，堅持使用一段時間后，病情會逐漸好轉。
2.淋巴結腫大：淋巴結腫大可能是勞累、熬夜、上火等因素引起的；部分患者產生淋巴結腫大，還可能是炎癥引起的。淋巴結腫大可能會導致患者腋下疼痛，有異味。患者可以在醫生的指導下使用阿莫西林片、頭孢地尼分散片等藥物進行治療。
3.狐臭：如果腋下的汗腺大量分泌淡黃色濃稠的脂肪酸，在達到一定的濃度后，細菌就會將其分解，產生一種不飽和脂肪酸，導致腋下疼痛，有異味，一般為狐臭導致的。患者可使用激光治療緩解相關癥狀，必要時還可通過手術切除大汗腺。但是狐臭不可根治，以上治療方法只能在一定程度上緩解相關癥狀。