蓮子芽通常沒有毒性。蓮子芽通常是指蓮子心，營養較豐富，但由于蓮子芽味道較苦澀，因此一般在吃蓮子時大多都會把蓮子芽去掉。但其實吃了蓮子芽，也不會造成中毒的現象，可以放心食用。
蓮子芽性平，味甘，歸脾、腎、心經，既能食用，也能藥用。蓮子芽具有一定的清心除煩的作用，并且具有益腎固精、止帶、補脾、止血、養心安神的作用，可用于遺精、帶下等病癥，另外還可用于心悸失眠等問題。如果食用方法正確，蓮子芽不僅不會導致中毒，還可以用于輔助治療疾病。
此外，蓮子芽雖可以食用，但如果發現蓮子發芽后，出現異味、腐爛的現象時，則應避免食用，以免食用后可能出現惡心、腹痛、腹瀉、嘔吐等中毒現象。在日常生活中可以適當食用一些蓮子，有利于身體健康。