咬牙的時候耳朵里疼可能是根尖周炎、急性化膿性中耳炎、顳下頜關節紊亂綜合征等原因引起的，患者應對因進行治療。
1、根尖周炎：根尖周炎是指發生在根尖周圍組織的炎癥性病變，常繼發于牙髓病。隨著病情的發展，患牙可出現自發性持續性鈍痛、咬合痛，觸摸可有松動感；疼痛癥狀可累及周圍器官。建議患者去醫院進行血常規、X線、牙髓電活力測試等檢查。針對本病，治療以根管治療術為主，必要時可在炎癥消退后拔掉患牙。
2、急性化膿性中耳炎：急性化膿性中耳炎是中耳黏膜的化膿性炎癥，是由各種致病因素導致鼓室、鼓竇、乳突和咽鼓管等中耳部位的急性、炎癥性疾病。急性化膿性中耳炎在鼓膜穿孔前疼痛較為劇烈，且疼痛可向同側頭部或牙齒放射，鼓膜穿孔流膿后耳痛減輕。患者可以去醫院進行耳鏡、純音聽閾測試、CT、血常規等檢查，并遵醫囑使用阿莫西林膠囊、羅紅霉素片等藥物進行治療。若患者的病情比較嚴重，出現嚴重耳塞、聽力損失、耳鳴等癥狀，患者需考慮進行手術治療，常見的手術為鼓膜置管術。
3、顳下頜關節紊亂綜合征：顳下頜關節紊亂綜合征是指累及顳下頜關節或咀嚼肌，具有如疼痛、彈響、張口受限等共同癥狀的臨床病癥的總稱。患者發病時，開口或咀嚼時關節區和關節周圍肌群會有明顯的疼痛癥狀，一般無自發痛，關節區或相應的肌群有壓痛點。建議患者及時去醫院進行X線、錐形束CT、MRI、關節造影、關節內鏡、牙頜模型等檢查，并遵醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、阿司匹林片等藥物來緩解疼痛癥狀。患者還可以配合物理治療來改善病情，如姿勢訓練、電刺激療法等。
除上述原因外，該癥狀還可能是外耳道炎、鼓膜穿孔等原因引起的，患者應及時去醫院耳鼻喉科、口腔科就醫。