中樞神經特異蛋白偏高會產生的后果，需要根據具體的類型進行分析，常見的有生理性因素和病理性因素，所以并不能完全說明是屬于異常的表現，具體的后果與偏高的類型有直接的關系。
1、生理性因素：在嬰幼兒或者兒童時期，中樞神經系統發育比較旺盛，會產生腦細胞明顯活躍的現象，所以會產生中樞神經特異蛋白偏高的現象，中樞神經特異蛋白有一定傳遞細胞的功能，并不會產生異常的后果；
2、病理性因素：對于成年人而言，如果出現中樞神經特異蛋白偏高的情況，不排除與腦部腫瘤有關，比如腦室腫瘤、腦血管瘤或者腦膜瘤等腫瘤細胞分裂比較旺盛，所以對蛋白質的依賴比較高，從而會產生中樞神經特異蛋白偏高的情況。如果是病理性原因導致的中樞神經特異蛋白偏高，有可能會產生腦組織損傷，從而出現神經功能障礙的后遺癥，會產生比較嚴重的后果。若為腦部中央區的腫瘤引起，患者多會出現運動障礙、感覺障礙，頂葉腫瘤患者也會出現感覺障礙，額部腫瘤可能會影響精神出現精神異常，四疊體以及海綿區腫瘤多會影響眼部運動，小腦部位腫瘤都會影響軀體活動，出現軀體活動異常的情況。此時需要盡早通過手術的方法治療，后期再結合應用營養神經的藥物治療，促進神經功能的恢復，防止產生后遺癥。
此外，患者在治療恢復的過程中要注意遵醫囑定期進行復查，根據病情的變化也要注意及時的調整治療方案，防止病情復發。