通常情況下，指甲凹凸不平、有小坑可能是缺乏微量元素引起的，可以掛內科；也可能是感染病原菌引起的，可以掛皮膚科。具體分析如下：
1.內科：患者缺乏微量元素時，如缺鈣，可能會表現為角質脆弱，容易出現指甲凹凸不平、有小坑的現象，此時患者應到醫院掛內科檢查微量元素，明確病因后在醫生的指導下口服葡萄糖酸鈣鋅口服溶液、碳酸鈣膠囊等藥物進行治療，通常可緩解此癥狀。
2.皮膚科：指甲凹凸不平、有小坑可能是指甲感染真菌引起的，容易出現指甲凹凸不平、有小坑的現象，此時患者應到醫院掛皮膚科進行檢查，明確病因后在醫生的指導下使用鹽酸阿莫羅芬搽劑、伊曲康唑膠囊等藥物進行治療，通常可緩解此癥狀。
此外，建議患者保護好指甲，避免剪指甲剪得太短，同時也要避免養成咬指甲的不良習慣，有利于保護指甲的健康。