在治療小兒心房顫動時，要明確其發病原因和誘發因素，并針對其原因和誘發因素進行處理。
由于甲亢、甲減、先心病導致的心臟增大等原因，需要采取藥物、外科封堵等方法進行處理；肥胖、急性腸胃炎引起的電解質紊亂、植物神經紊亂等都是誘發因素。如果在原發性或誘發因素得到抑制后仍存在房顫，可以使用抗房顫的藥物，如果藥物的抑制不了，可以考慮進行導管消融。具體的使用方法要根據臨床情況，在醫師的建議下進行。