一般情況下，發根毛囊炎沒有用什么藥物最有效的說法，該疾病可能是細菌感染、真菌感染引起的，患者在醫生的指導下使用莫匹羅星軟膏、紅霉素軟膏、復方酮康唑發用洗劑等藥物比較有效。
1、莫匹羅星軟膏：該藥物是局部外用抗生素，可以抑制細菌的增殖活性，起到抗菌的作用，對于細菌感染引起的毛囊炎，具有較好的治療作用。
2、紅霉素軟膏：該藥物屬于大環內酯類抗生素，對多數革蘭陽性菌、厭氧菌等具有良好抗菌作用，能有效改善毛囊炎引起的不適癥狀。
3、復方酮康唑發用洗劑：該藥物中的酮康唑具有抑菌和殺菌活性的作用，屬于抗真菌藥，能有效治療真菌感染引起的毛囊炎。
除此之外，患者還可以遵醫囑使用夫西地酸鈉軟膏、氧氟沙星凝膠、鹽酸特比萘芬凝膠等藥物進行治療，可以起到較好的治療效果。