深呼吸肩里面疼可能是受涼、肌肉勞損、肩關節周圍炎、頸椎病、胸膜炎等問題造成的，需要及時根據自身具體情況進行處理。
1、受涼：如果患者沒有注意肩部的保暖，肩部受涼后，在深呼吸時，就可能會感到肩膀里面出現刺痛感。建議患者及時對肩部進行保暖，能夠改善情況。
2、肌肉勞損：如果患者進行重體力勞動，可能會導致肩部存在肌肉勞損的情況，在深呼吸時，通常會使肩部的肌肉受到拉扯，從而出現內部疼痛的情況。建議患者遵醫囑服用布洛芬緩釋片、對乙酰氨基酚片等藥物進行治療，發揮止痛的作用。
3、肩關節周圍炎：通常與姿勢不良、護理不到位等因素有關，深呼吸時，患者的肩關節內部可能會出現疼痛的感覺，建議患者及時就醫，在醫生指導下使用雙氯芬酸鈉緩釋片、塞來昔布膠囊等藥物進行治療，發揮鎮痛、抗炎的作用。
4、頸椎病：通常與慢性勞損、外傷等因素有關，患者的頸椎病可能會導致周圍神經受壓，進而引發肩部里面的疼痛，還可能會造成頸部活動受限的問題，需要在正規醫院通過牽引療法來治療。
5、胸膜炎：感染、免疫力下降等因素可能會造成胸膜炎，患者可能會有胸痛、咳嗽、發熱等癥狀，疼痛還可能會累及背部和肩部里面，建議患者遵醫囑使用注射用青霉素鈉、注射用頭孢曲松鈉等藥物進行治療，有助于改善感染的情況。
建議患者要遵醫囑加強個人護理，促進身體恢復。