停經40天且早孕試紙顯示弱陽性，這可能提示懷孕的早期階段。然而，僅憑這些信息尚無法確定是否為宮外孕。
根據您的描述，B超檢查發現卵巢有1.5×1.4厘米的囊性暗區，子宮內膜厚度為1.2厘米，并伴有輕微間歇性隱痛。這些結果需要結合臨床癥狀和其他檢查綜合分析。
一般來說，在懷孕早期，正常情況下，胚胎會在子宮腔內發育。如果胚胎在子宮以外的地方著床，如輸卵管或其他部位，則稱為宮外孕。常見癥狀包括停經、陰道流血、腹痛等。
目前您出現的輕微隱痛可能是生理性反應，但也需要警惕宮外孕的可能性。
建議您保持良好的心態，注意休息，避免劇烈運動和勞累。同時，密切觀察身體變化，如出現以下情況應立即就醫：1. 陰道流血；2. 腹痛加重或持續性疼痛；3. 出現發熱、頭暈等癥狀。
通常情況下，在懷孕8周左右可以通過B超明確胚胎是否在宮內發育。因此，請您耐心等待，并按照醫生的建議進行復查，以獲得更準確的結果。