四君子丸和濕毒清有藥物成分不同、藥效不同、主治疾病不同等區別，使用時需要在醫生的指導下進行。
1、成分不同：四君子丸由茯苓、白術、黨參、炙甘草等多種中藥材組成，濕毒清主要由土茯苓、甘草、苦參、膽參、地黃等多種中藥材組成。
2、藥效不同：四君子丸具有益氣健脾的功效，濕毒清具有化濕解毒、養血潤燥、祛風止痛等作用。
3、主治疾病不同：四君子丸主要用于治療食少便溏、胃納不佳、脾胃氣虛、面色微黃、四肢無力等病癥，濕毒清主要用來治療皮膚瘙癢、蚊蟲叮咬等病癥。病人在服藥時，根據這兩種藥物的特點，在醫生的指導下，選擇正確的用藥方法。