牙粉本身沒有較大的危害，但相對于牙膏而言，可能更容易磨損牙體，造成牙齦神經敏感。此外，在使用方式、作用效果方面，可能具有一定的缺點。
牙粉為粉狀，摩擦力較大，經常使用牙粉刷牙，可能會導致牙體牙釉質磨損，容易出現楔狀缺損、橫溝等。由于牙體受損牙釉質被破壞，導致牙齒表面粗糙，容易殘留食物殘渣，引起細菌滋生造成齲齒。同時，牙釉質損害、牙齦神經敏感等，容易受到冷熱刺激，產生疼痛等癥狀。此外，由于牙粉不像牙膏的質地是膏狀，在使用時不易掌握用量，且需要在濕潤的狀態下才能蘸取，在牙齒表面溶解清除牙菌斑，在使用、攜帶方面存在一定不便。牙粉中較難添加一些含有功效成分的物質，僅能起到清潔口腔、清新口氣的作用，而對于抑菌抗炎、抗過敏等方面，沒有較大作用。
如果需要清潔牙齒，建議去正規醫院的口腔科進行洗牙。此外，在日常生活中，注意牙齒的衛生清潔，注意規范的刷牙、漱口，可以有效避免口腔疾病的發生。