睡醒起來腰兩側腎區痛可能是腎結石、尿路感染、腰肌勞損等因素導致的，可根據實際情況選擇合適的方法來治療.具體內容如下：
1.腎結石：腎結石可能是尿路的梗阻、感染和異物等因素造成的，一般有睡醒起來腰兩側腎區痛的癥狀，同時還伴有嘔吐、尿血等癥狀。
2.尿路感染：睡醒起來腰兩側腎區痛的癥狀可能是尿路感染引起的，同時還伴有乏力、腰部疼痛等癥狀。患者可以進一步查一下血常規、尿常規、泌尿系超聲來幫助明確診斷。
3.腰肌勞損：長期反復的過度腰部運動及過度負荷可能會導致腰肌勞損，如手持重物、抬物等，一般有睡醒起來腰兩側腎區痛的癥狀。患者需要糾正不良的生活、工作習慣，還應當加強腰背部肌肉的鍛煉。