肛門檢查后可以大便，肛門檢查主要用于診斷或鑒別肛周或者直腸疾病，比如痔瘡、腸息肉等，檢查后可以正常大便，一般不會影響。
肛門檢查主要是指肛門指診或者是肛門鏡檢查，主要檢查肛管、直腸相關病變，如痔瘡、肛周膿腫、直腸息肉、直腸癌等。在進行檢查前通常需要排空大便，防止肛門內有大便而影響醫生檢查，如果在肛門檢查后有便意，通常可以正常排便，不存在禁忌。部分患者檢查后排便可能會出現疼痛，主要是因為肛門括約肌痙攣或者檢查時沒有充分潤滑肛管，檢查動作過于粗暴，造成了肛管黏膜損傷。
如果檢查后患者出現疼痛癥狀，可進行溫水坐浴，如果疼痛比較劇烈，可以口服止痛藥物，如布洛芬緩釋膠囊等。肛門檢查前一天晚上盡量不要進食，要保證腸道干凈，以免影響到檢查結果，檢查時應保持放松，不要過度緊張，以免肛門括約肌過于緊繃，檢查起來比較困難。