阿米巴痢疾治療首選硝基咪唑類藥物，如甲硝唑、替硝唑、奧硝唑或塞克硝唑等。阿米巴痢疾是由于溶組織內阿米巴滋養體侵襲腸壁引起，常見的部位在盲腸和升結腸。出現阿米巴痢疾時，應及時就醫，在醫生指導下進行治療。
阿米巴痢疾的治療，以藥物治療為主。硝基咪唑類藥物主要是化學合成的抗菌類藥物，能夠強效殺滅阿米巴滋養體，所以常作為治療阿米巴痢疾的首選。治療阿米巴痢疾，除使用硝基咪唑類藥物，同時還要輔助對癥治療，比如急性期患者往往由于腹瀉，丟失大量水分、電解質和堿性腸液，會出現電解質紊亂和代謝性酸中毒，需要補液、補鉀予以糾正。嚴重者由于液體損失過多，還會出現低血容量休克，需要積極搶救。
阿米巴痢疾在治療期間，還要注意臥床休息，盡量流質飲食，適當加強營養，補充牛奶、肉、粥、魚肉等食物。免疫力正常的患者在規范治療下，預后普遍較好，基本可以獲得痊愈。重癥患者可能出現并發癥，部分預后較差。