做胃腸鏡可能會帶來不適感，但具體是否很痛苦，主要取決于個人身體感受。如果患者敏感度偏低，可能不是很痛苦，只會有輕微不適感。但如果患者敏感度偏高，可能是很痛苦，表現出極度不適感。
做胃腸鏡檢查時，需要將胃管或腸管插入患者身體相應部位，在插入過程當中可能會產生不適感。但具體嚴重程度，需要根據個人對痛苦的敏感度進行判斷。胃鏡檢查主要是將胃管通過咽部，到達食管或胃內，觀察胃內實際情況。檢查過程中由于胃管刺激，患者有可能會出現惡心、嘔吐的感覺，但基本都在身體承受范圍之內。若患者敏感度偏低，可能不是很痛苦。而腸鏡檢查主要是通過肛門進入到直腸、結腸，通過直視的方式觀察腸道內黏膜病變，患者可能會出現肛門不適感，痛苦程度跟個人身體敏感程度有關。如果患者對疼痛敏感度比較明顯，可能是很痛苦，也可以采取注射麻藥的方式進行。
對于需要做胃腸鏡的患者，需要在前一天晚上禁食，以便檢查當天醫生能夠更準確判斷胃腸道內的病變，或是否存在異常情況。胃腸鏡屬于有創操作，患者在檢查后飲食需要以清淡、易消化為主，以免刺激局部產生不適。