賁門癌近端切除雙通道吻合術的弊端可能是手術操作技術要求高、胃下部淋巴結轉移等。
1.手術操作技術要求高：近端切除雙通道吻合術是利用兩個通道，讓食道中的食物通過一條通道進入殘胃，再進入小腸，另一條通道直接經過與食管吻合的空腸進入下段小腸，因此對醫生的手術操作要求較高。
2.胃下部淋巴結轉移：雖然進行了近端切除，但彌漫浸潤性腫瘤還是可能會發生胃下部淋巴結轉移，不能通過手術徹底治療。