苦蕎米的副作用有會導致人體的胃寒加重，容易誘發患者出現低血糖，能夠導致皮膚瘙癢、頭暈、哮喘等過敏的癥狀，抑制鐵質的吸收。苦蕎米的禁忌有：胃寒、消化能力弱、有消化系統疾病的人，對蕎麥類食物有過敏反應的人群，缺鐵性貧血患者，低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱的人，腎臟疾病患者禁用。
1、胃寒、消化能力弱、有消化系統疾病的人群：苦蕎米在中醫中講偏寒，胃寒或者消化能力弱的人食用可能會造成反酸腹瀉的現象；有消化系統疾病的人，如胃潰瘍、十二指腸潰瘍、肝硬化食道靜脈曲張不適合吃苦蕎米，苦蕎米屬于粗糧，進入人體后跟胃腸道物理摩擦，有可能會造成潰瘍出血或靜脈破裂出血。
2、對蕎麥類食物有過敏反應的人群：苦蕎米屬于蕎麥類，能夠導致皮膚瘙癢、頭暈、哮喘等過敏的癥狀，所以對蕎麥類食物有過敏反應的人群避免食用。
3、缺鐵性貧血患者：苦蕎米中草酸含量比較高，而草酸會抑制鐵質的吸收，所以缺鐵性貧血患者不適合吃。
4、低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱的人群：苦蕎米中的蘆丁具有降血壓、降血糖、降血脂的作用，因此有低血壓、低血糖及嚴重體型瘦弱的人群不適合食用。
5、腎臟疾病患者：苦蕎米中的蛋白質含量豐富，會對腎臟造成負擔加重疾病，所以腎臟疾病患者避免食用。