腦漲落分析報告無法直接看出是否有焦慮或抑郁，通常只能分析大腦內神經遞質的功能情況，以輔助臨床診斷焦慮癥、抑郁癥。因為焦慮癥、抑郁癥與神經遞質之間的關系還只是假說、仍未完全闡明，所以臨床診斷仍需根據患者的臨床表現、心理量表及精神科醫師的問診來明確診斷。
1、興奮性神經遞質：腦漲落可以分析5-羥色胺、多巴胺、去甲腎上腺素等神經遞質的功能情況，可以幫助判斷抑郁癥、焦慮癥等精神疾病的發病，例如中樞神經系統的5-羥色胺含量不足、功能低下會導致抑郁癥狀，去甲腎上腺素的分泌過多、功能亢進可以引發焦慮癥狀和軀體癥狀等。所以，分析這一些興奮性神經遞質的情況可以輔助診斷抑郁癥、焦慮癥；
2、抑制性神經遞質：腦漲落可以分析抑制性神經遞質γ-氨基丁酸、抑制遞質-13的功能情況，這些神經遞質可參與抑郁癥、焦慮癥的發病過程中。例如GABA可以抑制大腦中的焦慮、恐懼的信息，從而減緩緊張，具有調節情緒、抑制焦慮、抗抑郁等一系列的作用，并且能夠參與調節睡眠節律、幫助睡眠的作用；
3、神經遞質興奮、抑制平衡：腦漲落分析報告不僅能夠提示各種神經遞質的情況，還可幫助分析大腦整體功能情況。如果大腦整體功能減弱，可能會出現抑郁、癡呆的問題。如果大腦整體功能增強，則可能與躁狂、焦慮有關。此外，腦漲落報告還會報告一個重要的信息，那就是腦內興奮-抑制功能是否平衡，如果興奮與抑制之間的平衡紊亂，很可能出現過度興奮或過度抑制，再結合神經遞質的情況，則可以分析出來是否存在抑郁、焦慮、躁狂等疾病的可能。
但是需注意腦漲落報告只是一個輔助的檢查，并不能替代臨床檢查、精神科問診來診斷焦慮、抑郁。所以一旦懷疑患有焦慮癥、抑郁癥，一定要及時到精神科就診、治療。