甲狀腺過氧化物酶是催化甲狀腺激素合成的關鍵酶，甲狀腺過氧化物酶偏高可能是甲狀腺功能亢進癥導致的，也可能是甲狀腺功能減退引起的，需要對癥進行治療。
1、甲狀腺功能亢進癥：如果甲狀腺過氧化物酶偏高的同時，伴隨甲狀腺激素T3或者T4明顯升高，促甲狀腺激素降低，通常是甲狀腺功能亢進癥引起的。患者可以在醫生指導下使用甲巰咪唑片、丙硫氧嘧啶片等藥物，可以抑制甲狀腺過氧化物酶生成。
2、甲狀腺功能減退：如果是甲狀腺激素T3和T4偏低，促甲狀腺激素升高，通常是甲狀腺功能減退導致的。患者需要遵醫囑應用甲狀腺激素替代治療，常用藥物為甲狀腺片、左甲狀腺素鈉片等，可以補充甲狀腺激素。