一般情況下，長期適量進食菌菇類對身體沒有明顯壞處，但長期大量進食菌菇類可能會出現消化道不適、誘發或加重痛風、中毒等癥狀。
1、消化道不適：因菌菇類含有較多的菌群，長期大量食用菌菇類容易讓胃腸道內菌群出現失調的情況，進而使得胃腸道功能發生紊亂，造成腹瀉、腹痛、惡心、嘔吐等癥狀。特別是對于存在胃腸道虛弱癥狀的人群，如兒童和老年人而言，可能會因此出現消化不良等癥狀；
2、誘發或加重痛風：因某些菌菇類如金針菇含有較高的嘌呤，對于高尿酸血癥或是痛風的患者而言，長期過量食用菌菇類會導致體內的嘌呤含量增加，進而誘發或加重痛風；
3、中毒：因菌菇類的重金屬富集能力較高，能夠富集多種重金屬，使其存在菌菇體內，但如今菌菇類大多為人工種植，含有的重金屬較少，故長期適量食用一般不會出現重金屬攝入超標。但若無節制地長期大量食用菌菇類，則可能會有鉛、汞、鎘等重金屬中毒的風險。
菌菇類雖美味且營養豐富，但不可長期大量食用。若發現菌菇類變質或對菌菇類過敏者，應立即停止食用，若有不適應立即前往醫院就診。