腸道感染主要包括病毒感染和細菌感染，患者常表現為腹痛、腹瀉、腹脹等消化道癥狀，需要遵醫囑吃藥，促進身體恢復，常見的藥物種類有促消化道黏膜修復藥、抗感染藥、調節腸道功能藥、解痙止痛藥、抗寄生蟲藥等。
1、促消化道黏膜修復藥：如果腸道感染是兒童，考慮是輪狀病毒、諾如病毒感染導致，一般癥狀較輕，不需要抗病毒治療。但可以吃促進消化道黏膜修復的藥物，例如復方谷氨酰胺、膠體果膠鉍劑，使上皮細胞新生，降低胃蛋白酶活性，改善癥狀；
2、抗感染藥：腸道感染如果是細菌導致，可以遵醫囑吃抗生素藥物，如頭孢克肟、頭孢拉定、頭孢唑啉等頭孢類藥物，阿莫西林、哌拉西林等青霉素類藥物，氧氟沙星、環丙沙星、諾氟沙星等喹諾酮類藥物，進行抗感染治療。如果是病毒感染導致，由于是自限性疾病，通常可以通過腸道休息緩解；
3、調節腸道功能藥：腸道感染可能是由于腸道菌落失調導致，這時可以吃腸道益生菌，如雙歧桿菌三聯活菌散、復方嗜酸乳桿菌片等，調節腸道菌群，改善腸道環境，提升腸道免疫力。另外吃消化酶，比如復方消化酶、胰酶，也可以調節胃腸道功能；
4、解痙止痛藥：腸道感染后，在炎癥刺激下，腸道發生痙攣，患者可能會出現疼痛等癥狀，這時可以遵醫囑吃阿托品、顛茄片、馬來酸曲美布汀等藥物；
5、抗寄生蟲藥：如果是阿米巴原蟲導致的腸道感染，可以吃甲硝唑、雙碘喹啉等藥物進行治療，如果是血吸蟲病，則可以吃吡喹酮進行治療。鉤蟲病、蛔蟲病、蟯蟲病，則可以吃阿苯達唑等藥物進行治療；
6、止瀉藥：如果腸道感染出現一直拉肚子的現象，可以在醫生指導下吃蒙脫石散、地芬諾酯等止瀉藥物，進行治療；
7、中藥：常用的如黃連素、復方木香小檗堿片等藥物，可以起到腸道消炎作用。復方木香小檗堿片中的木香、吳茱萸，還能減輕腸道平滑肌的痙攣，緩解腹痛癥狀。