通常情況下，新生兒囟門小有什么影響取決于具體情況。如果新生兒囟門小，但是身體發育比較正常，一般沒有影響；如果新生兒囟門小，并且囟門早閉，可能會導致大腦發育不全。具體情況分析如下：
1.沒有影響：囟門是指嬰幼兒顱骨結合不緊所形成的顱骨間隙。如果新生兒囟門小，但是頭圍正常，各方面的發育也比較正常，通常沒有影響。
2.大腦發育不全：如果新生兒囟門小，還伴隨囟門早閉的情況，可能會影響大腦的正常發育，容易導致新生兒大腦發育不全，出現手腳笨拙、智力低下、面容異常、運動發育遲緩等情況。