一般情況下，胃腸鏡檢查的主要目的是檢查食道、胃部、十二指腸等位置是否存在異常，還能用于判斷治療效果及預后。
胃腸鏡檢查是利用胃鏡和腸鏡對患者的消化道進行檢查。胃鏡檢查會利用內鏡探頭從口腔進入，經過食管、胃部，到達十二指腸降部，用來觀察患者的食管、胃部、十二指腸降部是否存在異常，比如炎癥、息肉等。腸鏡檢查會將內鏡探頭從肛門進入，經過腸道，到達回腸末端，進而有效檢查患者的腸道是否存在異常。另外，胃腸鏡檢查還可以用來幫助醫生判斷治療效果，也可以用來判斷預后情況，比如可以判斷胃癌、結腸癌等疾病是否得到了有效治療，以及復查時判斷是否存在復發的問題。