生理性囊腫一般指生理性卵巢囊腫。生理性卵巢囊腫又分為卵泡囊腫、黃體囊腫。育齡期女性由于雌孕激素的影響，每個月都會形成生理性囊腫，這是生理現象。
育齡女性的卵巢每個月都會形成一個囊狀結構，稱為卵泡。卵泡可以產生雌激素和孕激素，并在排卵期釋放成熟的卵子。在每個月經周期中，如果正常的卵泡持續生長，就可能形成卵泡囊腫、黃體囊腫，通常屬于生理現象。
正常情況下，成熟的卵子應該在月經周期中從卵泡釋放出來，假如卵泡未成熟，或者成熟后不排卵，卵泡就可能繼續生長。當卵泡釋放卵子后，就會演變為黃體，開始產生雌激素和孕激素。有時，黃體內毛細血管出血或液體積聚，就會導致黃體囊腫形成。
生理性卵巢囊腫通常不會引發健康問題，也很少導致疼痛等不適癥狀，一般在2~3個月經周期內即可自行消失，可通過定期隨訪婦科B超，以明確診斷，明確病因，規范治療。